Εκτός από ανθεκτικό, το εσωτερικό του Toyota Yaris Cross είναι καλοσχεδιασμένο και αναβαθμισμένο σε χώρους σε σχέση με το απλό Yaris. Η θέση οδήγησης είναι ψηλή, προσφέροντας καλή περιφερειακή ορατότητα. Σύμφωνα με τις μετρήσεις, ο χώρος για τα γόνατα των πίσω επιβατών είναι 110 χλστ., το πλάτος της πίσω καμπίνας είναι 1.340 χλστ. και ο χώρος για το κεφάλι φτάνει τα 960 χλστ. Η πραγματική χωρητικότητα του πορτ-μπαγκάζ μετρήθηκε στα 406 lt. (η Toyota δηλώνει 397 λίτρα για την έκδοση FWD), διαθέτοντας μεγάλη πρακτικότητα χάρη στο διπλό αναδιπλούμενο πάτωμα. Μοναδικός συμβιβασμός είναι το σχετικά στενό άνοιγμα των πίσω θυρών που δυσκολεύει την πρόσβαση.
Στον δρόμο, το Toyota Yaris Cross διαθέτει ένα σφιχτό σύνολο (γόνατα ΜακΦέρσον εμπρός, ημιάκαμπτος άξονας πίσω) που περιορίζει τις κλίσεις και προσφέρει αυξημένη απόσταση από το έδαφος χωρίς να περιορίζει την άνεση. Το τιμόνι είναι ελαφρύ και ευέλικτο στην πόλη, ενώ τα φρένα είναι δυνατά και ανθεκτικά. Στο Elk Test (δοκιμή αποφυγής κινδύνου) του AutoTriti, το ιαπωνικό μοντέλο επέδειξε εξαιρετική συμπεριφορά, αντιδρώντας προοδευτικά με καίρια επέμβαση του ESP, προσφέροντας υψηλό αίσθημα ασφάλειας. Στον ανοιχτό δρόμο είναι σταθερό, αν και σε απότομη επιτάχυνση ο θόρυβος του κινητήρα γίνεται αισθητός στην καμπίνα λόγω της φύσης του e-CVT κιβωτίου που κρατά ψηλά τις στροφές.